张凯  

硕士生导师

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办公地点:高新区地址:中国科大高新校区信智大楼B706室

   

研究方向

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AI for Science (Omics)

 1.  组学 AI 算法创新

    • 深度学习架构:针对高维 / 稀疏 / 异质组学数据的 GNN、Transformer、MAE、扩散模型优化

    • 自监督 / 弱监督学习:组学数据预训练、标签高效学习、跨数据集泛化增强。


2.  单细胞与空间转录组学

    • 空间转录组增强(核心):针对 Xenium、Cosmx 等图像式空间技术的基因面板稀疏、灵敏度低问题,用泛癌预训练扩散模型做全基因组表达重建,提升单细胞分辨率数据质量。

    • 单细胞 - 空间多模态融合:整合大规模 scRNA-seq(130 万细胞、21 种癌症)与空间数据,无需配对参考即可跨组织泛化,解决传统方法依赖匹配数据、需重训练的痛点。

    • 生成式 AI 在组学的应用:基于条件潜在扩散模型 + 随机微分方程(SDE),将细胞状态建模为低维流形,从稀疏观测中高保真恢复完整转录组,抑制噪声并保证生物学合理性。