方芳教授多年来以干细胞及其定向分化为研究模型，开展细胞治疗及疾病模拟方向的研究，致力于揭示疾病发生的分子机理并开发疾病诊断及治疗的新靶点。方芳博士的研究主要包括诱导干细胞分化为人类生殖细胞以建立体外不孕不育的细胞模型，以及干细胞诱导分化为神经元以建立体外帕金森疾病的细胞模型。

方芳博士的研究成果获得了国际学术界的广泛关注，在重要国际学术期刊发表论文14篇，累计影响因子超过120，累计他引次数超过2000次。近年来，以通讯作者及第一作者(包含共同第一作者)在Nature Cell Biology及Nature Communications等高影响力的期刊上发表论文。