(1) 王鹏飞(1/1); 2016年中科院优秀博士学位论文, 中国科学院, 中科院优秀博士学位论文, 其他, 2016(王鹏飞) (科研奖励)
(2) 王鹏飞(4/5); 固态单自旋量子相干控制与精密测量实验研究, 教育部, 自然科学, 省部一等奖, 2019(杜江峰; 石发展; 荣星; 王鹏飞; 段昌奎) (科研奖励)
(3) 王鹏飞(3/8); 基于单自旋量子探针的单分子磁共振探测技术, 中国分析测试协会, 中国分析测试协会 科学技术奖特等奖, 省部一等奖, 2015(杜江峰; 石发展; 王鹏飞; 荣星; 孔熙; 居琛勇; 苏吉虎; 张琪) (科研奖励)
(4) 王鹏飞(1/1)，仲英青年学者，唐仲英基金会，2023年